Windows下使用rsync可以用cwRsync。当然也有其它软件可以使用，但我觉得cwRsync安装及设置比较简单。

cwRsync有服务器版和客户端版，安装及设置网络上有很多文章可查。需要注意的是硬盘分区路径为/cygdrive/x/，如D:\tmp\路径应写为/cygdrive/d/tmp/；cwRsync的安装目录是/（根目录）。安装完毕后就可在cmd.exe（命令提示符）中使用rsync命令了。
cwRsync带有chmod及ssh-keygen等程序，提供相应功能。

建立一个批处理脚本（batch）会使同步过程简单。cwRsync中提供了一个批处理脚本示例，一般来说，只需要在最后加入自己的rsync命令就可以了。需要注意的是示例中有一个错误
SET CWRSYNCHOME=C:\PROGRAM FILES\CWRSYNC\BIN
……
SET CWOLDPATH=%PATH%
SET PATH=%CWRSYNCHOME%\BIN;%PATH%

%CWRSYNCHOME%已经定义为C:\PROGRAM FILES\CWRSYNC\BIN，但PATH又定义为%CWRSYNCHOME%\BIN。只要删掉任意一处的\BIN就可以了。

也可以参考Installing rsync on a Windows machine。